Zegary molekularne

Błędy podczas replikacji to główne źródło zachodzących ze stosukowo stałą częstością - mutacji. Część mutacji jest nieszkodliwa (neutralna) i może się utrwalić zwiększając swoją częstość przez dryft lub dobór. Liczba utrwalonych mutacji zależy od tego w jakim stopniu dobór zachowuje dane białko czy RNA. Obserwując kumulujące się różnice między populacjami lub gatunkami możemy określić stopień dywergencji.

Białka takie jak fibrynopeptydy zmieniają się stosunkowo szybko (przydatne do badań nad blisko spokrewnionymi gatunkami), podczas gdy takie jak cytochrom c, rybosomowy RNA zmieniają się niezwykle mozolnie (przydatne do badań nad organizmami żyjącymi dużo wcześniej).

Tempo zmian określonych sekwencji nukleotydowych jest stałe więc może funkcjonować jako zegar molekularny.

Kalibrowanie zegara opiera się na skamieniałościach, dzięki którym możemy ocenić kiedy badane linie taksonomiczne się oddzieliły.

Przy stałym tempie zmian, głównym czynnikiem przyczyniającym się do zmian w obrębie określonych białek jest selekcja zależna od czasu i prędkości zmian środowiska, a nie dryft!

Istnieje również nieco wątpliwości co do stałości tempa zegarów molekularnych, mogą one chodzić szybciej w okresie intensywnej ewolucji i wolniej w trakcie ciągnącej się w czasie stagnacji ewolucyjnej.

-> Wskazania zegara sugerują, że grupy ssaków powstały wcześniej niż 65 mln. lat temu, pomimo że pierwsze skamieniałości tych grup są dużo młodsze <-